Скорее всего, на печати никто не смотрит. Их ещё нужно уметь правильно интерпретировать, да они и не всегда читабельны.Ничего не будет. В моем паспорте тоже были печати. Но на них даже никто, при получении нового параграфа, а потом и пластика не посмотрел. Человек в Германии не раб и имеет право ездить куда захочет.
Скорее всего, проверка есть там, где она даёт немедленный и очевидный результат. Например, пересечение границы РФ-Эстония. А если, например, через Сербию - то прокатит.
К величайшему сожалению, да - право на свободное перемещение ограничено.