Если винда слетит, то на не-системном разделе данные останутся же.
Я не пользуюсь windows, но в Linux таже логика была, что под /, /home, иногда /opt, надо свои разделы. Но это у меня кончалось вечно тем, что выбранная разбивка оказывалась неоптимальной, и приходилось двигать границы разделов, что долго.
Чтоб данные не пропадали, я пользовался одно время BTRFS, там много плюшек, включая встроенный LVM (можно бесшовно, например, зафигачить единый раздел из двух разных физических дисков), или встроенную систему снимков, позволяющую откатывать изменения.