Вы въезжаете в ЕС по немецкому паспорту и никакое больше ваше гражданство в Германии не рассматривается. Вы для Германии гражданин Германии. Так же как в РФ вы для РФ только гражданин РФ и ваш немецкий паспорт в РФ ничего (кроме некоторых упрощений получения разрешения выехать в ковид, например) вам не дает.
Это никак ничего не меняет. Я не знаю, как вы объясните почему у вас, гражданина Германии Ваша, как я понимаю, машина, оформлена в другом государстве. Возможно, это не проблема, а возможно так нельзя. Лучше всего спросить напрямую в Zoll.