Если я правильно понимаю, вам нужно не "подать документы на ПМЖ", а подать документы на ЕИ? У вас нет бешайда с решением?
Такая опция есть сейчас, по понятным причинам, у граждан Украины, они могут подать документы через еврейские общины, находясь в Германии.
Остальные должны подавать документы по своему месту жительства в стране исхода.
Даже если в виде исключения (я не представляю, правда, по какой причине) вам разрешили бы подать документы, уже находясь в Германии, я сомневаюсь, что кто-то на форуме сможет вам назвать сроки, документы или причины отказа, так как это противоречит принятой процедуре.