Скажите как вести отсчет? Длительность остутствия по пересечению границы?
Если Вы прописаны в Германии - в большинстве случаев считается, что Вы находитесь в Германии, соответственно время по прописке и считается пребыванием в стране, в том числе для ВНЖ. Однако прописка в Германии несет за собой обязательства, например, при прописке в Германии Вы являетесь налоговым резидентом Германии и обязаны платить налоги с любого дохода в любой точке мира, если Ваш ребенок школьного возраста прописан в Германии - то он обязан ходить в школу. Также если прописан в Германии - обязан иметь мед.страховку, за которую надо платить в большинстве случаев.
Помимо этого фиктивная прописка запрещена, если выяснится, что Вы прописаны, но не живете в Германии (для разных чиновников это разный срок и условия, кому-то будет достаточно факта прописки и не важно, что Вы находились за границей много месяца, для кого-то нахождение 45+ дней не по прописке считается уже фиктивной пропиской). В общем и целом правило прописки означает, что центр Ваших жизненных интересов по месту прописки, а кто как из чиновников это интерпретирует - вопрос открыт.
В общем вопрос сложный и многогранный, опишите подробнее Ваши цели и ситуацию, чтобы дать бОльшую информацию. Например, работать и жить в другой стране, а иметь ВНЖ в Германии, чтобы переодически кататься, практически не реализуемая цель. А жить временно вне Германии полгода-год, чтобы "закрыть" дела в стране исхода и навсегда переехать - вполне.
С ВНЖ Германии в принципе невозможно жить на две страны, многие пытались но увы и ах, т.к. "лазеек" в этом плане в немецком законодательстве особо нет.