Судя по тому, что у них там написано на сайте, если у вас есть действующий внутренний паспорт гражданина РФ, то подтверждать гражданство не надо. А если и он просрочен или его нет, то надо.
Погодите, давайте разбираться по шагам.
Судя по Вашим сообщениям (прочитайте их еще раз), просрочены оба паспорта, внутренний и загранпаспорт. Действительно оба?
Гражданство дается человеку, а не его паспорту. Ничего страшного нет в просроченном внутреннем паспорте, тем более если Вы не пересекали границу РФ после даты, когда истек срок. Подаетесь на новый паспорт в свой первый визит в РФ. Я сам менял свой внутренний паспорт через 5 месяцев после того, как истек его срок - вообще никаких проблем и ни о каком подтверждении гражданства даже вопросов не было.
И да, для замены внутреннего паспорта нужно ехать в РФ, это обязательно.
Замена загранпаспорта еще проще - не нужно ехать в РФ, всё делаете здесь, в консульстве. Делайте термин и вперед.