Очень долго копал тему.. Пока получаются такие выводы:
1. EBU может быть выдан с отчеством, а также без.
2. В любом случае в Personenstandregister вносится и имя и отчество в поле Vorname Ivan Ivanovic с пометкой (Vorname, Vatersname)
3. По новым Allgemeine Verwaltungsvorschrift zur Durchführung des Passgesetzes (Passverwaltungsvorschrift - PassVwV) от 10.07.2024 (GMBl. 2024 Nr. 28, S. 556)
Если не делать Angleich, то в документы (Ausweis, Reisepass) в поле Vorname должны вписать только имя из Personenstandregister, без Vatername. Таким образом отчество нигде не участвует и не требуется процедура гармонизации в РФ. Возможность полностью убрать отчество из регистра сохраняется.
Но имеет ли это теперь смысл? Проще не отказываться, получать Ausweis с обычным иемнем/фамилией и не беспокоится по поводу РФ..