Чип, он же метка, встроенный в ключ, сейчас лежит внутри машины. Поэтому блок штатной безопасности при опросе всегда будет считать, что машину можно открыть и заводить.
Если помимо штатной безопасности установлена сторонняя система сигнализации, то она должна быть синхронизированна на открытие / закрытие со штатной безопасностью автомобиля. Иначе возможны неприятные сюрпризы, начиная от - не открываются замки дверей, вплоть до - машина не заводится. А поскольку чип штатной системы находится внутри машины, и, соответственно, штатная безопасность считает, что машина может быть открыта и заведена, то она будет (по запросу) уведомлять стороннюю сигнализацию, что доступ к машине разрешен.
Конечно, сугубо теоретически, синхронизация может быть и не выполнена. Но в таком случае не пройдет и команда на принудительное заглушение двигателя при несанкционированном доступе.