Посмотрел еще раз, противоречий не нашел.Посмотрите по инструкции - что именно подходит в вашем случае.
Для себя решил, что буду заполнять только WA-ESt, информация о доходе там будет, поэтому все корректно.
Ну а если приложение не устроит Finanzamt, вопросы будут решаться по мере поступления.
Помимо этого почитал ELSTER Forum - ELSTER Anwender Forum, там куча тем по этому вопросу, все заполняют WA-ESt.
Смысл у N-AUS, как я понимаю, абсолютно другой - работа за границей, имея основное место жительства в Германии.
Кстати, если кому-то будет полезным, smartsteuer не поддерживает WA-Est, зато SteuerGo - легко.